정기 세무조사 기간, 4년마다 또는 5년마다 무조건 나오는 걸까?

사업을 오래 한 대표님들이 자주 하는 질문이 있습니다.

“우리 회사가 5년째 세무조사를 안 받았는데 이제 나올 때가 된 건가요?”

“정기 세무조사는 원래 4년마다 받나요?”

“5년 주기라고 들었는데 정확히 무엇을 의미하나요?”

이 질문에서 먼저 구분해야 할 것이 있습니다.

정기 세무조사 기간이라는 검색어에는 ‘몇 년마다 조사대상이 되는가’라는 조사주기와 ‘실제 조사를 며칠 동안 받는가’라는 조사일수 두 가지 의미가 섞여 있습니다.

둘은 전혀 다른 개념입니다.

일반적인 사업자가 4년 또는 5년마다 무조건 정기 세무조사를 받는 것은 아닙니다.

최근 4과세기간 이상 조사받지 않으면 무조건 정기조사가 나오나요?

아닙니다.

현행 국세기본법은 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 않은 납세자 가운데 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려해 신고내용을 검증할 필요가 있는 경우를 정기선정 기준 중 하나로 규정합니다.

여기서 핵심은 ‘4과세기간 이상 조사받지 않았다’만으로 조건이 완성되지 않는다는 점입니다.

신고내용을 검증할 필요가 있는지를 함께 판단합니다.

따라서 4년 동안 조사를 안 받았다고 5년차에 자동으로 통지서가 오는 구조는 아닙니다.

그렇다면 ‘5년 주기 정기조사’라는 말은 어디에서 나온 걸까요?

규모가 큰 사업자에 대해 실제 5년 주기 순환조사 기준이 있기 때문입니다.

국세청은 연간 수입금액 2,000억 원 이상의 법인을 원칙적으로 5년 주기 순환조사 대상으로 선정합니다.

다만 상호출자제한기업집단 소속 법인, 자산 2천억 원 이상 법인, 전문인적용역 제공 법인 등은 연간 수입금액 500억 원 이상부터 이 기준이 적용됩니다.

개인사업자는 연간 사업소득 수입금액 500억 원 이상, 전문인적용역사업자는 200억 원 이상이면 5년 주기 순환조사를 원칙으로 합니다.

따라서 일반적인 중소기업 대표가 “5년마다 무조건 조사받는다”고 생각하는 것은 정확하지 않습니다.

일반 사업자의 정기조사는 무엇으로 선정할까요?

정기조사는 4년이나 5년이라는 시간만 가지고 정하지 않습니다.

법상 정기선정 유형에는 신고성실도 분석도 있습니다.

국세청은 법인의 경우 법인세·부가가치세·원천제세 신고상황과 각종 세원정보 등을 반영해 신고성실도를 평가한다고 공개하고 있습니다.

개인사업자 역시 신고내용과 과세자료 등을 바탕으로 정기조사 대상이 선정될 수 있습니다.

그래서 10년 동안 정기조사를 받지 않았다고 앞으로도 안 받는다는 보장도 없고, 3년 전에 조사를 받았다고 모든 상황에서 당분간 안심할 수 있다고 단정하기도 어렵습니다.

정기조사의 실제 현장기간은 몇 일일까요?

조사주기와 별개로 실제 세무조사가 진행되는 기간에는 국세기본법상 기준이 있습니다.

조사대상 과세기간 중 가장 큰 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억 원 미만인 납세자의 일반적인 세무조사 기간은 원칙적으로 20일 이내입니다.

예를 들어 매출 50억 원 수준의 법인이 일반적인 정기 세무조사를 받는다면 20일 기준이 중요할 수 있습니다.

다만 조사유형과 법정 예외, 기간연장 사유가 있는지에 따라 달라질 수 있으므로 실제 통지서의 조사기간을 확인해야 합니다.

정기조사도 기간을 연장할 수 있나요?

가능합니다.

정기조사라고 해서 최초 통지된 기간을 절대로 넘길 수 없는 것은 아닙니다.

거래처 확인이나 금융거래 현지확인이 필요한 경우,

납세자가 자료 제출을 지연하거나 거부하는 경우,

조사과정에서 추가적인 탈루혐의가 포착되는 경우 등 법에서 정한 사유가 발생하면 기간을 연장할 수 있습니다.

따라서 정기조사 통지를 받으면 “20일이면 무조건 끝난다”기보다 자료제출과 소명을 처음부터 체계적으로 관리하는 것이 중요합니다.

정기조사는 보통 몇 년치를 볼까요?

이 역시 “정기조사는 무조건 5년치”라고 말할 수 없습니다.

조사대상 과세기간은 사전통지서에 표시됩니다.

현재 일반적인 세무조사는 조사개시 20일 전에 조사대상 세목, 조사기간과 조사사유 등을 통지하도록 돼 있습니다.

따라서 정기조사 통지를 받았다면 어떤 연도가 포함됐는지를 먼저 보십시오.

회사가 보유한 과거 장부를 처음부터 전부 꺼내기보다 통지된 과세기간의 신고서부터 검토하는 것이 효율적입니다.

정기 세무조사 통지를 받으면 무엇부터 준비해야 할까요?

첫째, 조사대상 세목과 과세기간을 확인합니다.

둘째, 해당 기간 법인세 또는 종합소득세 신고서와 부가가치세 자료를 나란히 봅니다.

셋째, 매출과 비용 변동이 큰 계정을 표시합니다.

넷째, 법인이라면 대표자 가지급금과 법인카드, 개인사업자라면 개인계좌와 사업매출의 혼재 여부를 확인합니다.

다섯째, 금액이 크고 반복되는 외주비·인건비·용역비 거래는 계약서와 계좌, 실제 결과물이 연결되는지 봅니다.

정기조사는 특정 혐의 하나만 확인하는 조사라고 단정할 수 없기 때문에 조사대상 기간의 전체 신고흐름을 먼저 보는 것이 좋습니다.

정기조사에 걸리면 대표자가 문제를 알고 있을까요?

꼭 그렇지는 않습니다.

정기선정은 비정기 세무조사처럼 특정 탈루혐의만으로 이루어지는 것이 아닙니다.

신고성실도 분석, 장기미조사 검증 필요성, 표본조사 등 다양한 기준이 있습니다.

따라서 대표자가 “내가 뭘 잘못했지?”라고 아무리 생각해도 명확한 이유가 떠오르지 않을 수 있습니다.

이 경우 조사사유를 추측하는 데 시간을 보내기보다 최근 신고내용에서 조사 시 설명하기 어려운 항목을 먼저 찾는 것이 현실적입니다.

정기 세무조사 기간을 앞두고 가장 많이 하는 실수

첫 번째는 “정기니까 별 문제 없겠지”라고 준비를 하지 않는 것입니다.

정기조사에서도 신고 오류가 발견되면 당연히 과세문제가 생길 수 있습니다.

두 번째는 조사 전에 장부를 급하게 손대는 것입니다.

몇 년 전 거래에 맞춰 자료를 새로 만드는 것보다 당시 존재했던 원자료를 보존하고 사실관계를 확인하는 것이 우선입니다.

세 번째는 조사기간이 짧다는 이유로 첫날부터 자료를 지나치게 많이 제출하는 것입니다.

조사관의 요청내용과 조사범위에 맞춰 정리하는 것이 좋습니다.

조사국 경험에서 보는 정기 세무조사의 핵심

제가 조사국에서 근무하며 느낀 것은 정기조사가 나왔다는 사실 자체보다 조사 전 회사가 자기 장부를 얼마나 이해하고 있는가가 중요하다는 점입니다.

정기조사는 대표자가 예상하지 못했던 계정이나 자금흐름에서 질문이 시작될 수 있습니다.

하지만 해당 거래가 정상이고 계약서·계좌·실제 업무내용이 서로 맞는다면 설명할 수 있습니다.

반대로 대표자 본인도 왜 비용으로 처리됐는지 모르는 거래가 많다면 짧은 조사기간 동안 계속 자료를 찾고 설명을 바꾸게 됩니다.

정기 세무조사 통지를 받았다면 ‘몇 년마다 나오는가’보다 지금 주어진 사전준비 기간을 어떻게 쓰느냐가 더 중요합니다.

필요하다면 함께세무법인처럼 세무조사 대응 경험이 있는 세무사와 예상쟁점을 먼저 검토하는 것도 방법입니다.

정기 세무조사 기간 핵심 정리

일반 사업자가 4년마다 또는 5년마다 무조건 정기조사를 받는 것은 아닙니다.

최근 4과세기간 이상 같은 세목의 조사를 받지 않은 사실은 정기선정 기준 중 하나일 뿐입니다.

반면 매우 큰 법인과 개인사업자에게는 국세청이 공개한 5년 주기 순환조사 기준이 있습니다.

그리고 실제 조사일수는 별개의 문제로, 100억 원 미만 납세자의 일반적인 조사에는 원칙적으로 20일 기준이 적용됩니다.

정기조사의 주기와 실제 조사기간을 구분하는 것, 이것이 이 키워드를 이해할 때 가장 중요한 부분입니다.

자주 묻는 질문

Q. 정기 세무조사는 4년마다 나오나요?

아닙니다. 최근 4과세기간 이상 조사받지 않은 것은 정기선정 기준 중 하나이며 자동선정 규칙은 아닙니다.

Q. 정기 세무조사는 5년마다 받나요?

일정 규모 이상의 대형 법인·개인사업자에는 5년 주기 순환조사 기준이 있지만 모든 사업자에게 적용되는 것은 아닙니다.

Q. 정기 세무조사는 며칠 동안 하나요?

100억 원 미만 납세자의 일반적인 조사에는 원칙적으로 20일 기준이 있지만 예외와 연장사유가 있습니다.

Q. 정기조사는 몇 년치 자료를 보나요?

사전통지서에 적힌 조사대상 과세기간을 확인해야 합니다.

Q. 정기조사는 혐의가 있어서 나오는 건가요?

항상 그렇지는 않습니다. 신고성실도, 장기미조사, 표본조사 등 다양한 정기선정 유형이 있습니다.